Um levantamento feito em acórdãos do Tribunal de Contas da União (TCU), entre janeiro de 2003 e dezembro de 2007, mostrou que, no período, 19 fundações de apoio ligadas a universidades federais (29% das 65 entidades do País) teriam tido irregularidades.
As falhas teriam sido detectadas por meio de auditorias, prestação de contas, representações e denúncias. Os problemas seriam encontrados em 16 Estados brasileiros, ainda segundo o jornal. O TCU informou que as fundações seriam usadas para burlar licitações, contratar servidores para as universidades sem concurso público e fraudes. O tribunal multou as universidades, determinou a suspensão de convênios e encaminhou casos para o Ministério Público e o Congresso.
De acordo com o Estado de S. Paulo, ficaram retidas pelo TCU fundações ligadas às universidades federais do Acre, Alagoas, Amapá, Amazonas, Brasília, Maranhão, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Ouro Preto, Pelotas, Pernambuco, Piauí, Rio de Janeiro, Rio Grande, Rondônia, São Carlos, Tocantins e Uberlândia.