Os primeiros homens a se aventurar nas matas fechadas da região onde hoje se localiza o município de São João do Caru foram dois irmãos – Aldenor Leônidas Siqueira e José Leônidas Siqueira, o “Zé Velho”.
Vindos do Piauí, lá pelos idos da década de 40, Aldenor e “Zé Velho” buscavam um lugar para cultivar roça de mandioca, milho e feijão, e posteriormente estabelecer família. Viram no trecho em que o rio Caru faz divisa com o município de Bom Jardim o local perfeito para suas pretensões. Além da roça, podiam sobreviver da pesca, já que o rio era bastante generoso: surubim, mandi, sardinha, piaba, lírio, bico-de-pato vinham em grande quantidade nas redes.
Só depois de instalados na área – à qual deram o nome de São João – os irmãos viriam a descobrir os perigos que aquelas matas escondiam – o mais aterrorizador deles representado pela presença de índios guajajaras ainda hostis. Havia também os awá-guajás, mas o contato com estes – considerado o último povo nômade do Brasil – só foi realizado há poucos anos.

Apesar da insegurança constante e da dificuldade de acesso (não havia estrada ligando o povoado a lugar nenhum e só se saía ou chegava à localidade de barco, pelo rio Caru), o pequeno núcleo fundado pelos irmaõs piauienses cresceu e começou a atrair cada vez mais pessoas, muitas delas com interesses bem diversos dos primeiros lavradores.
Primeiramente, vieram os madeireiros, atrás de espécies nobres. Depois, chegaram uns agricultores diferentes dos plantadores humildes que fundaram o povoado: os plantadores de maconha.
Aliados aos guajajaras, esses homens ansiosos pelos lucros exorbitantes da droga se instalaram em terras da área indígena Caru, em Bom Jardim, onde se chega simplesmente atravessando o rio. Como o centro de Bom Jardim está bem distante da reserva (quase 100 km), os traficantes fizeram de São João do Caru – tanto da sede como dos povoados ribeirinhos próximos à reserva guajajara – o seu “quintal”, por assim dizer.
Transformado em município em 1994 (desmembrado de Bom Jardim), São João do Caru teve sua primeira eleição para prefeito em 1996. O vencedor do pleito foi James Ribeiro de Sousa, que se reelegeu em 2000. Em 2005, assumiu ao atual gestor, Edinaldo Prado Nascimento, o “Edinaldo Davi”.
Os pioneiros “Zé Velho” e Aldenor Leônidas Siqueira já morreram. A principal escola da cidade leva o nome de Aldenor. Sua viúva, Joana Fernandes de Oliveira, ainda mora na cidade.